一、國家科學及技術委員會中部科學園區管理局為便於執行園區事業辦理保稅貨品盤存作業事項，特訂定本作業要點。
二、園區事業應每年盤存一次，每二年會同會計師盤存一次，並於盤存前編列保稅原料、物料、在製品、半製品、成品及機器、設備盤存清冊、盤存卡，以憑查核。但盤存清冊所列保稅貨品，如以電腦控管或採自動倉儲盤存時，得依分區按儲位依序列印盤存清冊者，可免附盤存卡。如以條碼管理保稅貨品者，得以掃描或拍照方式等電子方式進行盤點。
園區事業應於預定盤存日前一個月向海關申請辦理保稅原料、物料、在製品、半製品、成品、樣品、供貿易用貨品及機器設備盤存。
經海關認證為安全認證優質企業或保稅帳冊製作完善，保稅貨品管理健全之園區事業，得於會同會計師盤存之盤存日或盤存期限屆滿日一個月前，向海關申請免會同會計師盤存；海關於接到申請書 後，按所列評估項目（如附表一）詳實評定，其評分結果合於所訂標準者，該年度准予免會同會計師盤存。
園區事業經海關核准辦理不停工盤存，應提供有關生產線上保稅貨品相關表報或系統資料，供海關或會計師即時查核抽盤項目。
三、園區事業會同會計師辦理盤存者，根據盤存清冊編製保稅貨品盤存統計表及結算報告表，連同在製品、半製品、成品盤存數折合原料分析表及內外銷成品折合原料分析表等相關報表，應於盤存日起三個月內經會計師完成簽證並送交海關，但有特殊原因，經申請海關核准者，得延長一個月，並以一次為限。具自行點驗進出區及按月彙報資格之園區事業，其由會計師完成簽證之年度結算報告表，海關得免予審核。
前項送交海關備查之各類表報，得經監管海關核准以電子媒體儲存備查。但經委託之會計師審核簽章更正相關表報內容者，不適用 之。具按月彙報資格之園區事業，其機器、設備無盤盈、盤虧者， 免編製機器、設備盤存統計表及保稅結算報告表。
四、經撤銷、廢止、解散、遷出區外或營運不善破產而清算之園區事業， 如因故無法辦理結束盤存時，海關得逕依帳面結存數課徵應補稅捐； 其生產性貨品攜運出區，得由管理人或貨品所有權人自行簽發「生 產性貨品出區放行單」，送請海關查驗無訛，確屬補稅無誤後核准 放行出區。
五、園區事業辦理保稅貨品會同會計師盤存者，應於盤存日一個月前向海關申請，並應檢附受委託會計師之印鑑卡、稅務代理人證明文件影本、委任書及約定書，該約定書應明示會計師對盤存清冊、結算報告表、盤存統計表及各項折合分析表應負責簽署無保留意見之簽證報告。
六、受委託會計師應確實依據一般公認查帳準則及本作業要點等相關規定審核各項盤存報表，並於簽證報告上表明前述意旨。
七、前點盤存及各項報表之審核，受委託會計師如有違反規定作不實之簽證或有未盡善良管理人之責任及抽象過失責任，致生逃漏稅捐或其他違法情事或稅收受損者，海關除函請會計師懲戒委員會依法懲戒外，並得依會計師法相關規定向會計師請求損害賠償。前項各點所稱簽證報告如非屬無保留意見或有其他情事時，海關應查明實情，並得視情節輕重依相關規定辦理。
八、園區事業應於盤存日後十日內，將盤存清冊一式二份送海關備查； 會同會計師盤存者應於盤存日後十日內將盤存清冊一式三份，連同會計師簽證報告一併送海關備查。但有特殊原因，經申請海關核准者，得延長七日，並以一次為限。
經海關核准者，得以電子媒體儲存或以電子傳輸方式送交海關備查；如以電子傳輸方式，應依本作業要點第二點規定之保稅貨品類別分別分次傳輸送交海關備查。
九、園區事業辦理年度盤存時，除依規定申請辦理生產線不停工盤存者外，盤存時應全部停工。
委外加工貨品及出區修理、檢驗、組裝測試、展示之保稅貨品，其因故無法運回，應於盤存日前將委外加工或出區修理、檢驗、組裝測試、展示之受託廠商名稱、地址及保稅貨品之名稱、料號、數量等列表，向海關申請辦理廠外盤存。
十、盤存日前經海關放行之進口保稅貨品，應進廠列盤。倘因故無法進廠列盤者，應自提領之翌日起一週內檢附原進口報單與補盤存清冊一式二（三）份向海關申請補盤，補盤後，列入當年度盤存清冊。
十一、列盤貨品及機器設備，應詳實填列品名、料號、型號、規格及數量；數量單位不定之桶、瓶及卷等，則應註明確實資料。
十二、列盤之在製品、半製品，應另行編製產品單位用料清表；如用料簡單者得逕行於盤存清冊註明。
十三、產品單位用料清表，其用料量採「應用數量」者，其下腳不得列盤。
十四、園區事業不論自行盤存或會同會計師辦理盤存，有關列盤保稅貨品及保稅機器設備抽點比率，廠商盤存人員或會計師應依照下列方式辦理：
（一）具安全認證優質企業資格者，至少應抽點列盤保稅貨品及保稅機器設備總項數各百分之二。
（二）具一般優質企業或策略聯盟資格者，至少應抽點列盤保稅貨品及保稅機器設備總項數各百分之五。
（三）具自行點驗按月彙報資格者，至少應抽點列盤保稅貨品及保稅機器設備總項數各百分之十。
（四）其餘園區事業至少應抽點列盤保稅貨品總項數百分之十及保稅機器設備總項數百分之二十。
前項抽點比率，如抽點發現錯誤時，得視情形提高抽點比率或全面清點，實施不停工盤存者並得採彈性抽點。
十五、會計師或參與盤存人員，應就其個人負責盤存之清冊或清冊封面簽署全名並加蓋騎縫章。
盤存結果與清冊不符時，應予更正，並由雙方參與盤存人員會同於盤存清冊更改處簽署全名。