一、科技部(以下簡稱本部)為獎勵研究成果傑出之科學技術人才，長期從事基礎或應用研究，以提升我國學術研究水準及國際學術地位，創造社會發展與產業應用效益，展現科研成果之多元價值，增強國家科技實力，特訂定本要點。
二、申請機構如下：
(一)公私立大專院校及公立研究機構。
(二)經本部認可之行政法人學術研究機構、財團法人學術研究機構及醫療社團法人學術研究機構。
三、申請人除應符合本部補助專題研究計畫主持人資格(不含已退休、累獲本部傑出研究獎二次以上人員)外，並應分別符合下列規定：
(一)基礎研究類：研究成果以突破科學問題為主，並具備下列條件之一者：
1.研究成果具學術原創性或具重要學術價值。
2.研究成果具學理創新性，對學術發展有重大影響及貢獻。
(二)應用研究類：研究成果以解決實務問題為主，對經濟、社會、民生福祉、環境永續、產業效益等具前瞻科技創新，改善人類生活之知識與技術，具有重大貢獻及有具體事實者。
四、申請方式如下：
(一)申請人應至本部網站線上製作下列文件後，將申請案線上傳送至申請機構，由申請機構彙整送出並造具申請名冊一式二份函送本部申請；文件不全或不符合規定者，不予受理：
1.傑出研究獎申請表。
2.個人資料表。
3.依本部各學術司規定，應填之相關表件。
4.申請截止日前五年內（此段期間曾生產或請育嬰假者，得延長至七年內，但應檢附相關證明文件）績效文件。
(二)本部各學術司得依個人研究表現或專題研究計畫申請案審查結果遴薦人選，由其依前款規定提出申請。
五、申請期限：
申請機構應依本部規定之期限提出申請，逾期不予受理。
六、審查方式分為初審、複審及決審三階段辦理，作業方式如下
(一)初審階段：
1.書面審查：由書面審查委員就每件申請案進行審查，每案之委員以不少於二人為原則。
2.會議審查：由各該學術司司長(或指定代理人)邀集會議審查委員召開會議，決定進入複審階段之申請案。
(二)複審階段：
1.領域(分組)會議：由各該學術司司長邀集委員召開會議，就初審階段審查結果討論推薦。
2.各學術司聯席會議：由各該學術司司長邀集委員召開會議，決定各學術司推薦名單。
(三)決審階段由本部次長主持之決審會議決定獲獎人名單，簽陳部長核定。決審會議召開方式如下：
1.至少須有二分之一以上決審委員出席，始得召開。
2.如須以投票方式進行表決，申請案須獲具表決權之決審委員三分之二以上同意票，始得通過。
審查作業期間以自申請案截止收件之次日起五個月內完成為原則，必要時得予延長。
七、審查委員之遴選原則及組成如下：
(一)委員遴選原則：
1.依各年度遴選作業辦理各階段審查委員選任，其任期至該年度遴選作業結束。
2.由本部考量學術成就與聲望、研究專長領域、客觀與公正性等因素，就曾獲傑出研究獎、其他相當獎項之學術榮譽，或為熟悉該領域之專家予以遴選。
3.審查委員須為當年度未申請本獎項者。
(二)委員推薦方式：
1.初審階段：書面審查委員由各該學術司司長邀集會議審查委員召開會議，參考本部研究人才資料庫名單，或視需要敘明理由自上述資料庫以外名單決定適當人選，經各學術司司長核定；會議審查委員由各該學術司自學門中推薦，並視需要置委員數人，經部長核定。
2.複審階段：領域(分組)及司聯席會議審查委員之組成方式、人數、名單，得依領域屬性，由各該學術司推薦，經部長核定。
3.決審階段：置決審委員十三至十七人，包括本部次長、各學術司司長及由各學術司推薦之部外專家學者，經部長核定。
審查委員應遵守本部訂頒之利益迴避及保密相關規定。
八、獎勵人數及方式如下：
(一)獲獎人數：基礎研究類及應用研究類每年合計八十名為限。
(二)獲獎人由本部頒發獎勵金新臺幣九十萬元及獎狀一紙。
九、獲獎人名單，由本部核定後函知申請機構，依本部規定格式造具印領清冊函送本部辦理撥款。
十、申請人之申請文件，涉有違反學術倫理情事者，依本部學術倫理案件處理及審議要點規定處理。
十一、其他相關事項如下：
(一)傑出研究獎同年度以申請一件為限。
(二)申請人近五年曾獲傑出研究獎者，以獲獎年度以後之研究成果及主要貢獻度為審查評分項目。
(三)獲獎人以獲頒二次為限。
(四)累獲傑出研究獎二次者，得依本部補助特約研究人員從事三年期特約研究計畫作業要點規定，申請特約研究計畫。
(五)傑出研究獎獲獎人自申請當年之八月一日起三年內不得再申請本獎項。
十二、本要點未盡事宜，依其他相關法令規定辦理。