一、 依據
國家科學及技術委員會中部科學園區管理局(以下簡稱本局)為落實自我監督機制，以合理確保內部控制持續有效運作，並適時提供改善建議，依據政府內部控制監督作業相關規定訂定本要點。
二、 目的
本局為檢查內部控制建立及執行情形，適時提供改善建議，或針對機關資源使用之經濟、效率及效果，以及未來有關管理及績效重大挑戰事項提出建議或預警性意見，俾及時偵測及防止異常事項，以合理確保業務之正常運作。
三、 內部稽核程序
（一）每年至少辦理一次內部稽核作業，由內部控制專案小組委員執行內部稽核，幕僚作業由企劃組辦理，並由各組室指派人員擔任預檢工作。
（二）執行步驟：
1、擬定計畫：執行內部稽核前應擬定計畫並簽報局長核定，計畫內容得包括：稽核項目及目的、稽核期間、稽核工作期程、稽核工作分派、經費來源。
2、準備資料及預檢：針對稽核項目準備相關佐證資料及辦理預檢作業，並不得針對過去一年內、目前或即將負責承辦業務執行稽核預檢作業。（預檢格式如附件1、2）
3、辦理稽核：召開內部控制專案小組委員會議辦理稽核並作成紀錄。（格式如附件3）
4、撰寫稽核報告：原則於工作結束後二個月內完成稽核報告（格式如附件4）並簽報局長核定。
5、定期追蹤：至少每半年定期追蹤內部控制缺失及興革建議辦理情形，內部控制缺失應追蹤至改善完成為止，興革建議應追蹤至相關單位評估其可行性，以決定是否採納該等建議或採行相關因應作為為止。（格式如附件5）
四、 內部稽核項目
辦理內部稽核時應檢視機關風險評估或績效達成程度等情形，就高風險或主要核心業務優先擇定稽核項目，例如下列項目。但已依相關法令規定辦理稽核或評估者，得不重複納入內部稽核。
（一）審計部中央政府總決算審核報告重要審核意見，經審計部追蹤查核結果仍待繼續改善，並再綜合研提審核意見者，應稽核其檢討改善情形。
（二）跨機關整合業務、占機關年度預算比例較高之業務、久未辦理內部、外部稽核或評估之業務、影響政府公信力之潛在風險案件、進度嚴重落後或停工六個月以上或因故解除契約等公共工程案件，稽核其執行情形或成效等。
（三）利用資訊系統自動處理業務控管流程或資料勾稽比對案件之資料異動紀錄，以及資訊系統間資料介接傳遞以人工處理控管流程或勾稽比對之案件，經評估存有遭蓄意竊取、竄改或洩漏資料等風險者，稽核其資訊系統管理機制。
（四）其他重大議題包括內部重要會議列管事項、立法院質詢案件、監察院彈劾、糾正（舉）或提出其他調查意見之案件、審計部中央政府總決算審核報告重要審核意見、上級與各權責機關（單位）督導等所列待改善事項、中央廉政委員會及各機關廉政會報所提相關議題及外界關注事項等。
五、 內部稽核作業
（一） 辦理內部稽核時得依稽核項目之性質及受查單位之特性等選擇稽核方式，包括檢查、觀察、詢問、驗算或查證等，並視需要擇定適宜之抽核比率，以蒐集及查核充分且適切之稽核證據，據以支持稽核結論。
（二） 內部稽核人員執行內部稽核工作，得檢查相關文件、資產，並詢問有關人員，受查單位應全力配合提供稽核所需資料並詳實答覆，無正當理由不得拒絕。
（三） 內部稽核人員執行內部稽核工作，得從下列五個面向進行分析，俾提出稽核建議與受查單位充分溝通：
1、實際情況：陳述實際發現之現況或問題。
2、判斷標準：依據法令規定或選擇適當之判斷基準，用以作為評估或驗證之參據。
3、影響結果：掌握實際情況已經（可能）存在之衝擊及其影響層面與嚴重程度。
4、造成原因：深入探究實際情況發生之根本原因，以免忽略關鍵核心問題。
5、建議意見：綜合分析並與受查單位共同研擬改進建議，以解決根本原因或核心問題。
（四） 稽核項目具有量化或非量化績效目標或指標時，內部稽核人員得採行下列程序，衡量稽核項目之資源使用是否具有經濟、效率及效果，俾提出可能提升績效之建議，以協助機關制訂政策、績效目標或指標、計畫或強化內部控制機制，另得就機關未來有關管理及績效重大挑戰事項提出預警性意見供機關參考。
1、蒐集與稽核項目有關之資料。
2、選擇適當之衡量基準，其來源包括：
(1)前期績效、既定(或預計)目標及其績效衡量指標。
(2)法令規定或契約規範，如：預計完成之期限、品質或數量標準等。
(3)國際公認之指標或標準等。
(4)其他同類績效優良機關、單位或民間相關機構等之標竿典範。
(5)內部稽核人員專業判斷。
3、運用計算、分類及比對等方式，分析實際績效與衡量基準之差異，並了解差異原因及其影響。
六、 注意事項
(一) 內部稽核人員應正確且完整記錄稽核情形，揭露稽核發現之優點、稽核發現與相關自行評估結果不一致等缺失、改善措施或興革建議。
(二) 內部稽核人員執行內部稽核工作時，應對潛在風險業務保持警覺，並掌握可能涉有公帑損失、浪費等不法或不當情事；稽核結果如發現可能有不法或不當情事者，應簽報局長責請相關稽核評估職能單位人員進一步查處。
(三) 內部稽核人員應秉持誠實信用原則及專業上應有之注意，確實執行稽核工作，惟內部控制有其先天限制，且內部稽核原則採抽核方式實施，無法絕對保證一定能發現不法或不當情事。
(四) 執行內部稽核工作期間，如發現重大違失或機關有受重大損害之虞時，應立即簽報局長處理；稽核資訊涉及隱私、機密、不法或不當之行為，不宜揭露予所有報告收受者時，得另單獨作成報告揭露。
(五) 內部稽核紀錄及相關佐證資料應妥為保管，並得整理成冊、編列頁碼及製作封面（格式如附件6），連同稽核計畫及內部稽核報告等稽核相關資料，自稽核工作結束日起，以書面文件或電子化型式至少保存5年。
七、 其他未盡事宜，依政府內部控制監督作業要點或相關法令規定辦理。