1.中華民國91年3月27日行政院國家科學委員會臺會綜一字第0910015093號函訂定全文11點。
2.中華民國94年3月10日行政院國家科學委員會臺會綜一字第0940024025號函修正全文11點。
3.中華民國98年12月31日行政院國家科學委員會臺會綜一字第 0980093947 號函修正全文16點。
   (中華民國98年12月24日行政院國家科學委員會第 680次主管會報同意)
4.中華民國102年7月10日行政院國家科學委員會臺會綜一字第1020043459號函修正全文16點。
5.中華民國103年5月23日科技部科部綜字第1030036059號函修正全文16點。
6.中華民國111年10月13日國家科學及技術委員會科會科字第1110063980B號函修正，名稱並修正為「國家科學及技術委員會補助兩岸科技學術研討會作業要點」，並自即日生效。