1.中華民國92年9月30日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0920049511號函訂定全文10點。
2.中華民國95年8月7日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0950040885號函修正全文11點;並自即日起實施。
3.中華民國96年8月14日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0960041484號函修正第4點條文。
4.中華民國97年7月30日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0970042500號函修正全文11點。
中華民國97年7月17日行政院國家科學委員會第615次主管會報修正通過
5.中華民國98年8月10日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0980058918號函修正全文11點。
6.中華民國99年6月9日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0990040228號函修正全文11點。
7.中華民國100年6月7日行政院國家科學委員會臺會綜二字第1000037845號函修正全文11點。
8.中華民國101年6月5日行政院國家科學委員會臺會綜二字第1010035653號函修正全文11點。
9.中華民國102年6月7日行政院國家科學委員會臺會綜二字第1020034986號函修正全文11點。
10.中華民國103年4月21日科技部科部綜字第1030027612號函修正全文11點。
11.中華民國103年7月18日科技部科部綜字第1030053423號函修正第2點、第7點。
12.中華民國104年8月3日科技部科部綜字第1040057333A號函修正部分規定。
13.中華民國105年12月14日科技部科部綜字第1050095305號函修正第7點規定。
14.中華民國106年8月8日科技部科部綜字第1060060131A號函修正部分規定。
15.中華民國107年10月26日科技部科部綜字第1070075501號函修正。
16.中華民國111年6月15日科技部科部綜字第1110034681號函修正,並自即日生效。
17.中華民國111年8月17日國家科學及技術委員會科會綜字第1110052978A號函修正,名稱並修正為「國家科學及技術委員會傑出研究獎遴選作業要點」,並溯自中華民國111年7月27日生效。
18.中華民國112年6月7日國家科學及技術委員會科會綜字第1120034414A號函修正第4點、第9點、第12點,並自即日生效。
19.中華民國113年5月16日國家科學及技術委員會科會綜字第1130032253A號函修正第9點,並自即日生效。