1.中華民國92年10月6日行政院國家科學委員會臺會綜二字第 0920050670 號函訂定發布全文25點。
2.中華民國93年11月2日行政院國家科學委員會臺會綜二字第 0930064984 號函修正發布全文25點。
3.中華民國94年5月18日行政院國家科學委員會臺會綜二字第 0940036292 號函修正發布全文26點。
4.中華民國94年11月9日行政院國家科學委員會會綜二字第 0940070214 號函修正發布全文26點。
5.中華民國95年11月7日行政院國家科學委員會臺會綜二字第 0950058256 號函修正發布全文25點；並自即日起實施。
6.中華民國96年11月5日行政院國家科學委員會臺會綜二字第 0960058802 號函修正發布全文25點。
7.中華民國97年11月7日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0970071595號函修正全文25點。
8.中華民國98年5月5日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0980031109號函修正全文25點。
9.中華民國98年11月10日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0980082723號函修正全文25點。
10.中華民國99年7月6日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0990046830號函修正全文25點 。
11.中華民國99年11月11日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0990081910 號函修正全文25點。
12.中華民國100年11月1日行政院國家科學委員會臺會綜二字第1000075022號函修正全文26點。
13.中華民國100年12月2日行政院國家科學委員會臺會綜二字第1000081072號函修正全文26點。
14.中華民國101年7月30日行政院國家科學委員會臺會綜二字第1010050820號函修正發布全文27點。
15.中華民國102年2月21日行政院國家科學委員會臺會綜二字第1020010821號函修正第6點。
16.中華民國102年10月30日行政院國家科學委員會臺會綜二字第1020073226號函修正發布第6點、第11點、第19點。
17.中華民國103年4月9日科技部科部綜字第1030025494A號函修正發布全文27點。
18.中華民國103年7月2日科技部科部綜字第1030048052號函修正發布第2點、第10點、第11點、第26點。
19.中華民國103年10月27日科技部科部綜字第1030077556號函修正發布全文27點。
20.中華民國104年3月9日科技部科部綜字第1040017135號函修正第3點。
21.中華民國104年10月15日科技部科部綜字第1040074726號函修正發布全文27點。
22.中華民國105年3月11日科技部科部綜字第1050017771號函修正發布全文27點。
23.中華民國105年8月2日科技部科部綜字第1050055715號函修正第19點。
24.中華民國105年11月11日科技部科部綜字第1050088974號函修正。
25.中華民國106年1月4日科技部科部綜字第1060000525號函修正第26點。
26.中華民國106年5月18日科技部科部綜字第1060032898號函修正部分規定。
27.中華民國106年9月30日科技部科部綜字第1060075567號函修正第3點、第11點、第19點。
28.中華民國107年9月11日科技部科部綜字第1070065445號函修正部分規定。
29.中華民國108年5月17日科技部科部綜字第1080030676號函修正第6點、第9點、第19點，自108年8月1日生效。
30.中華民國108年10月29日科技部科部綜字第1080070717號函修正第11點。
31.中華民國108年12月20日科技部科部綜字第1080080997號函修正第3點。
32.中華民國109年7月6日科技部科部綜字第1090040875號函修正部分規定。
33.中華民國109年11月13日科技部科部綜字第1090069089號函修正第10點、第26點。
34.中華民國110年3月26日科技部科部綜字第1100017897號函修正第10點。
35.中華民國110年5月10日科技部科部綜字第1100025942號函修正第10點 。
36.中華民國110年9月30日科技部科部綜字第1100059928號函修正部分規定，並自即日生效。
37.中華民國111年3月8日科技部科部綜字第1110012759號函修正部分規定，並自即日生效 。
38.中華民國111年7月19日科技部科部綜字第1110046210A號函修正第10點，並自即日生效。
39.中華民國111年7月27日國家科學及技術委員會科會綜字第1110048674號函修正，名稱並修正為「國家科學及技術委員會補助專題研究計畫作業要點」，並溯自111年7月27日生效。
40.中華民國112年11月6日國家科學及技術委員會科會綜字第1120074179A號函修正第11點、第19點、第26點，並自即日生效。