1.中華民國89年3月20日行政院國家科學委員會簽奉主任委員核定實施。
2.中華民國98年3月19日行政院國家科學委員會第 643 次主管會報修訂通過全文 7 點；並自即日起生效。
3.中華民國103年5月15日科技部科部綜字第1030034162號函修正全文6點。
4.中華民國106年6月5日科技部科部綜字第1060036931號函修正第5點。
5.中華民國108年12月3日科技部科部綜字第1080078025號函修正。
6.中華民國111年8月11日國家科學及技術委員會科會綜字第1110051969C號函修正，名稱並修正為「國家科學及技術委員會受補助單位申請作業要點」，並溯自中華民國111年7月27日生效。