1.中華民國100年9月26日行政院國家科學委員會臺會人字第1000066226號函訂定。
2.中華民國103年7月14日科技部科部人字第1030051802號函修正全文9點。
3.中華民國103年12月29日科技部科部人字第1030091680號函修正第3點、第4點、第5點，並定自104年1月1日生效。
4.中華民國106年12月19日科技部科部人字第1061013293號函修正第4點、第5點，並定自107年1月1日生效。
5.中華民國107年4月26日科技部科部人字第1070027775A號函修正第4點、第5點、第6點，並定自107年5月1日生效。
6.中華民國111年7月27日國家科學及技術委員會科會人字第1110047983號函修正，名稱並修正為「國家科學及技術委員會加班費管制要點」，並自即日生效。
7.中華民國112年1月11日國家科學及技術委員會科會人字第1120003092A號函修正第5點、第6點、第9點，並溯自中華民國112年1月1日生效。
8.中華民國113年12月30日國家科學及技術委員會科會人字第1130088871號函修正第2點、第3點及第4點，並自114年1月1日生效。