1.中華民國99年7月30日行政院國家科學委員會臺會綜二字第0990053951號函修正發布全文3點。
2.中華民國101年7月30日行政院國家科學委員會臺會綜二字第1010050820號函修正發布全文11點。
3.中華民國102年2月21日行政院國家科學委員會臺會綜二字第1020010821號函修正第2點、第3點。
4.中華民國103年4月9日科技部科部綜字第1030025494A號函修正發布全文11點。
5.中華民國103年10月27日科技部科部綜字第1030077556號函修正發布全文11點。
6.中華民國104年10月16日科技部科部綜字第1040075090號函修正發布全文11點。
7.中華民國107年9月11日科技部科部綜字第1070065445號函修正發布部分規定。
8.中華民國108年5月17日科技部科部綜字第1080030676號函修正發布全文11點,自108年8月1日生效。
9.中華民國108年8月19日科技部科部綜字第1080056413號修正第2點、第4點。
10.中華民國111年3月8日科技部科部綜字第1110012759號函修正。
11.中華民國111年7月28日國家科學及技術委員會科會綜字第1110048674號函修正,名稱並修正為「國家科學及技術委員會補助專題研究計畫經費處理原則」,並溯自111年7月27日生效。
12.中華民國112年11月6日國家科學及技術委員會科會綜字第1120074179A號函修正第8點,並自即日生效。