1.中華民國82年7月30日行政院國家科學委員會第185次主管會報核定。
2.中華民國93年4月22日行政院國家科學委員會臺會計字第 0930024973 號函訂定全文 12 點。
3.中華民國102年7月2日行政院國家科學委員會臺會計字第1020041135A號函修正全文7點。
4.中華民國103年4月2日科技部科部計字第1030022505A號函修正全文7點。
5.中華民國104年5月29日科技部科部計字第1040036642A號函修正第3點。
6.中華民國105年2月17日科技部科部計字第1050011191A號函修正第2點。
7.中華民國111年5月5日科技部科部計字第1110025719號函修正，名稱並修正為「科技部補助經費支用單據查核實施要點」，並自即日生效。
8.中華民國111年8月1日國家科學及技術委員會科會計字第1110049478號函修正，名稱並修正為「國家科學及技術委員會補助經費支用單據查核實施要點」，並自即日生效。